二仁溪係台灣最早被先民開發拓墾的流域之一…
1624~1625年荷據時期，「荷蘭聯合東印度公司」為經營東亞地區的轉口貿易，曾派員測繪「澎湖島至大員島、魍港、堯港等地之海圖」在該圖堯港北邊繪記有個溪口，該溪口即二層行溪的溪口；
「十七世紀熱蘭遮市等圖」即在鯤身沙嶼的東南繪有溪口，記該溪名為清水溪（de Verse Rivier，英文意思：the Fresh River）(熱蘭遮城日誌第一冊，臺南市政府)，江樹生教授認為當時係因為荷蘭人從熱蘭遮城載水桶至當地裝運新鮮飲用水而得名。
「十七世紀熱蘭遮市等圖」即在鯤身沙嶼的東南繪有溪口，記該溪名為清水溪（de Verse Rivier，英文意思：the Fresh River）(熱蘭遮城日誌第一冊，臺南市政府)，江樹生教授認為當時係因為荷蘭人從熱蘭遮城載水桶至當地裝運新鮮飲用水而得名。
據東印度公司資料記載，1650年左右，當時台南地區早期開墾的耕地其中之一，即位於二仁溪南岸，是福佬拓墾該區域最早的文獻紀錄。
明鄭東寧王國時期 ，二仁溪稱之為二贊行溪，清咸豐同治年間改稱二層行溪，民國49年省政府改稱為二仁溪。由於行政區域的調整、河道的變遷及地理上的關係，使其成為今日高雄市及台南市的自然界河。
二層行溪一直是南台灣的重要流域，扮演著沿溪流聚落灌溉、水源和運輸功能，並非純粹的天然邊界而已（現今仁德區的二層行昔日即是渡口）；清領時期因族群關係、地域意識、利益衝突，而引發械鬥的動亂，迫使清廷數次調整行政區域，二仁溪乃成為府城與鳳山縣之分界溪流。
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| 二層行庄與二層行溪，首見於清高拱乾撰台灣府志記載。 |
例如參軍陳永華在今湖內區招民開墾，而留下參軍庄庄名。此外，寧靖王朱術桂也在湖內竹滬一帶墾殖，寧靖王死後將墾地分予佃戶，當地人建華山殿祭祀以感其恩德，尊稱寧靖王為「老祖」。
東寧王國統治時期，承天府南北設立兩個縣，北為天興縣，南為萬年縣。根據戴文鋒教授的考證，萬年縣的縣治在二仁溪北邊，現今之台南市仁德區的二仁里(萬年縣治所考辦，臺南縣政府，戴文鋒，民國98年9月)。2008年12月14日，台南縣府於清王宮前公園設立「萬年縣治紀念碑」。此處過去曾為萬年縣行政中心。
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| 萬年縣治所考辦(臺南縣政府,戴文鋒,民國98年9月) |
有關福佬先民墾拓台灣的歷史，其中寺廟的興建往往和土地的開發及聚落的形成有著密不可分的關係。
通常移民在歷經渡海風險平安上岸後，每到新的一個地方落腳開墾，面對天災、原住民衝突、庄頭械鬥等生存壓力，往往由家鄉攜來之神明香火，供於家中或公厝作為護符，保佑開基順利。
先民們在生活逐漸穩定下來後，便搭建家祠或家廟供奉庇蔭的諸神菩薩。待開墾略有規模，庄社亦逐漸形成，原先供在小祠中的神明、偶然拾得海上漂流之神像及香火，輔以顯靈事跡，而後由鄉民聚資建立較具規模的廟宇加以奉祀。
聚落的社會交流往往以廟宇為中心，因為祠廟的財力和空間配合宗族力量，支助著地方文教活動的推展。
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| 康熙台灣嶼圖已標示「二層行」與「二層行溪」(國立臺灣博物館)。 |
二仁溪流域的福建移民，主要來自漳州與泉州。觀音、玄天上帝、保生大帝、媽祖、王爺等神明成為重要的民間信仰。
如內門紫竹寺、大崗山超峰寺(主祀觀音)、歸仁區仁壽宮（主祀保生大帝）、武當山北極殿（主祀玄天上帝）、茄萣金鑾宮（主祀媽祖）。
二仁溪上游的內門紫竹寺位於高雄市內門區，建寺超過三百年，主祀觀音佛祖，是全臺觀音信仰的中心寺廟。據廟史記載，1663年明太僕寺卿沈光文逃入羅漢內門，結茅為僧，奉祀觀音。內門有七星墜地的傳說，建有七星塔以強化寶地的信心，紫竹寺以全台宋江陣表演競技中心聞名。
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| 內門紫竹寺《南海慈航》匾(光緒十一年 道標都閫府鄭超英敬獻) |
二仁溪中游(阿蓮)大崗山超峰寺，供奉觀音菩薩，乃國家二級古蹟。1665年(明永曆19年)，明末遺臣逃禪沈光文居士所建潛心靜修之精舍，名曰「普陀幻住庵」，就是後來的「超峰寺」。「大崗山派」係學界公認台灣佛教四大法派之一
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| 大崗山超峰寺《慈雲遠播》匾(光緒十一年 道標都閫府鄭超英敬獻) |
歸仁區武當山玄天上帝廟，是台南地區歷史悠久的玄天上帝信仰中心。
二仁溪下游以王爺的信仰最為著名，二層行清王廟(主祀延平王國姓爺朱府大千歲、謝府二千歲、清府三千歲)，當時為避開反清復明之嫌疑，故廟名訂為「清王廟」。灣裡萬年殿(主祀五府千歲)，據載殿內供奉對岸飄來的王船，燒王船信仰與王爺廟關係密切。
二贊行溪拓墾先民們捍衛家園、抵禦外敵的英勇事蹟， 可歌可汔...
據《台灣通史》(卷4獨立紀)記載，抗日義軍統領鄭青受黑旗軍劉永福招安，組織地方團練加入1895年乙未抗日義軍行列，在二層行抵抗乃木希典的第二師團，日軍難越雷池一步。
但筆者深信，鄭青係受先祖 水師副將鄭超英之託付，基於愛鄉愛土的台灣民族意識，與太爺庄的蘇家子弟組織義軍，在二層行溪兩岸共同抵抗日軍侵略行動。
1895年10月11日，由由師團長乃木希典中將率領的的第二師團主力在枋寮登陸。鳳山縣城（今高雄市鳳山）、打狗港輕易地落入日軍之手。乃木接獲「八重山」軍艦轉來軍部訓令，須在21日以前進抵二層行溪一線的計劃。乃木以優勢兵力，攻佔鳳山以北的楠仔坑、橋仔頭街、阿公店街、路竹、大湖街。
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| 南征軍臺南攻擊之圖-日本浮世繪版畫 |
20日上午六時，日軍第二師團主力向二層行庄出發，鄭青所部義軍結合數百名二層行庄民及太爺庄蘇家子弟向推進至二層行溪的日軍進行數次襲擊。
據洪棄生纂《瀛海偕亡記》(卷下) 所載，一直到劉永福阿婆仔浪港後，鄭青所部義軍方頓入大崗山地區進行游擊作戰……
過去充滿豐富文化底蘊的溪流，曾孕育先民們辛勤拓墾的歷史，為了工業開發竟一度變成了台灣最骯髒的排水溝...
民國83年間，因廢五金工廠排放污水二仁溪遭嚴重污染，一條河流從清澈變得混濁相當容易，但要從髒亂、污染回到昔日的潔淨，卻是漫長等待的復育過程。
經過當地社區組織長期致力於紅樹林及彈塗魚復育工作，家園回來了，健康的環境終於綻露出一絲的曙光。
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| 珍古德對二仁溪復育成果表示肯定(高雄市政府) |
國際知名保育人士珍古德博士曾參訪二仁溪生態復育區，珍古德對二仁溪濕地的生態復育成果印象深刻，珍古德表示當地社區組織的保育行動是二仁溪生態復育計畫成功的關鍵因素，只要我們給大自然機會，大自然就有自行復育的能力。
在二十年時間裡，二仁溪逐漸回復到過往的清澈，對於台灣經濟發展與自然環境保護的課題，二仁溪復育所得到的啟示，值得眾人反思。
自然環境與歷史文化無價，不是任何的財富可以替代。
